Obligations comptables d’une micro-entreprise en 2025 : le guide complet pour rester en règle

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La micro-entreprise, souvent choisie pour sa simplicité administrative, n’échappe pourtant pas à certaines obligations comptables. Même si la gestion reste allégée, l’auto-entrepreneur doit tenir une comptabilité rigoureuse, conserver ses justificatifs et respecter plusieurs règles fiscales et sociales.
Voici tout ce qu’il faut savoir pour être en conformité en 2025 — sans perdre de temps dans les démarches inutiles.

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Comprendre la comptabilité d’une micro-entreprise

La comptabilité du micro-entrepreneur repose sur un principe fondamental : la simplicité. Contrairement aux sociétés commerciales, il n’a pas à produire de bilan, ni de compte de résultat.
Cependant, il doit pouvoir justifier à tout moment ses recettes et ses dépenses auprès de l’administration fiscale ou de l’URSSAF.

La comptabilité a donc un objectif clair : prouver la sincérité de vos déclarations de chiffre d’affaires et assurer la transparence de votre activité.

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Les documents comptables obligatoires

Même si elle est allégée, la comptabilité de la micro-entreprise repose sur deux livres essentiels.

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Le livre des recettes

C’est le registre le plus important. Il doit comporter toutes les entrées d’argent, en précisant :

• la date d’encaissement,
• le nom du client,
• la nature de la prestation ou de la vente,
• le montant encaissé,
• le mode de règlement (espèces, carte, virement, chèque),
• et le numéro de facture correspondant.

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Ce document peut être tenu sur papier ou sous format numérique (un tableur, un logiciel de facturation ou une application dédiée).
⚠️ Il doit être tenu sans rature ni blanc, car il peut être demandé lors d’un contrôle.

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Le registre des achats

Ce registre est obligatoire uniquement pour :

• les activités d’achat-revente,
• la restauration,
• ou la fourniture de logement (par exemple, chambres d’hôtes).

Il doit recenser toutes les dépenses liées à l’activité : fournisseurs, achats de marchandises, matériel, emballages, etc.

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Les pièces justificatives à conserver

Le micro-entrepreneur doit archiver tous les justificatifs comptables pendant 10 ans :

• factures clients et fournisseurs,
• notes de frais,
• relevés bancaires professionnels,
• devis signés,
• contrats.

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En cas de contrôle, ces pièces servent à justifier l’origine et la réalité des transactions.

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La gestion des factures

Les micro-entrepreneurs doivent établir une facture conforme pour chaque vente ou prestation.
Elle doit comporter plusieurs mentions légales obligatoires :

• numéro de facture unique et chronologique,
• identité du vendeur et du client,
• date de la prestation ou de la vente,
• description précise du service ou produit,
• montant HT et TTC (si assujetti à la TVA),
• mention “TVA non applicable, article 293 B du CGI” le cas échéant.

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Les obligations de déclaration du chiffre d’affaires

Le micro-entrepreneur doit déclarer son chiffre d’affaires :

• mensuellement ou trimestriellement,
• directement sur autoentrepreneur.urssaf.fr ou via l’application mobile.

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Cette déclaration est obligatoire même si le chiffre d’affaires est nul.
En cas d’oubli, des pénalités peuvent s’appliquer.

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Le montant déclaré sert à calculer :

• les cotisations sociales,
• et, le cas échéant, le versement libératoire de l’impôt sur le revenu.

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Les obligations liées à la TVA

Depuis 2023, les seuils de franchise en base de TVA ont évolué. En 2025, vous êtes :

• exonéré de TVA si votre chiffre d’affaires annuel ne dépasse pas :
  • 91 900 € pour les activités de vente,
  • 36 800 € pour les prestations de services.
• assujetti à la TVA si vous dépassez ces seuils pendant deux années consécutives.

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Dès lors, vous devez :

• facturer la TVA à vos clients,
• la déclarer périodiquement,
• et déposer vos déclarations sur le portail impots.gouv.fr.

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Les obligations bancaires du micro-entrepreneur

La loi (article L133-6-8-4 du Code de la sécurité sociale) impose au micro-entrepreneur de distinguer ses opérations professionnelles et personnelles.
Concrètement :

• si votre chiffre d’affaires dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives, vous devez ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité professionnelle.

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Ce compte permet :

• de mieux suivre vos recettes,
• de faciliter la gestion comptable,
• et d’éviter tout mélange entre dépenses personnelles et professionnelles.

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Les obligations en matière de conservation et d’archivage numérique

Si vous tenez votre comptabilité sur un logiciel, veillez à ce qu’il soit :

• sécurisé,
• inaltérable,
• et conforme aux exigences fiscales françaises (norme NF525 notamment).

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Les factures électroniques ou numérisées doivent être authentiques et lisibles pendant toute la durée légale de conservation.

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La facturation électronique : bientôt obligatoire

La réforme de la facturation électronique entre progressivement en vigueur à partir de 2026.
Même les micro-entrepreneurs seront concernés.
Concrètement, vous devrez :

• recevoir vos factures au format électronique,
• et, à terme, les émettre via une plateforme agréée (comme Chorus Pro ou une PDP certifiée).

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Cette transition vise à :

• simplifier la gestion administrative,
• automatiser la collecte de la TVA,
• et lutter contre la fraude.

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💡 Il est donc recommandé de choisir dès maintenant un outil de facturation conforme pour éviter toute précipitation le moment venu.

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Les sanctions en cas de manquement comptable

Le non-respect des obligations comptables peut entraîner :

• une amende fiscale (jusqu’à 500 € pour absence de facturier ou registre),
• un redressement URSSAF,
• voire la radiation du régime de micro-entreprise en cas de fraude manifeste.

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Tenir une comptabilité simple mais rigoureuse reste donc essentiel pour préserver votre statut.

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Bonnes pratiques pour une micro-comptabilité efficace

Voici quelques conseils pour garder une gestion fluide au quotidien :

• mettez à jour vos registres chaque semaine ;
• classez vos factures numériques par mois et par client ;
• exportez vos relevés bancaires régulièrement ;
• anticipez vos déclarations URSSAF pour éviter les oublis ;
• conservez une sauvegarde cloud de tous vos justificatifs.

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Ce qu’il faut retenir

Même si le régime de la micro-entreprise simplifie la vie des indépendants, il ne dispense pas de certaines obligations.
Tenir un livre des recettes, conserver ses justificatifs, déclarer son chiffre d’affaires et préparer la transition vers la facturation électronique sont autant de gestes indispensables pour travailler sereinement